Até a fundação da Cidade do Salvador, o Brasil era a terra dos índios,
reivindicada por Portugal, com alguns povoados no litoral, e explorada por
franceses.
O Tratado de Tordesilhas foi um acordo entre Portugal, Espanha e o Papa. Não houve a participação das demais nações. Além disso, a Igreja Católica passava por uma de suas piores crises, com a Reforma Protestante.
O primeiro povoado brasileiro com europeus foi a Colônia de Porto Seguro, na Bahia, em 1503. Participou dois frades franciscanos, que construíram a primeira igreja brasileira, a Igreja de São Francisco de Assis.
A primeira vila foi a de São Vicente, fundada em 1532, por Martim Afonso de Sousa.
A colonização efetiva do Brasil começou depois da fundação da primeira capital, quando finalmente Portugal passou a executar um projeto eficiente de colonização, administração e defesa das terras que reivindicava no Novo Mundo.
Juridicamente, o Brasil não era uma colônia de Portugal, como foram as colônias africanas e asiáticas de países europeus, no século 19. Durante o domínio lusitano, o Brasil aparece, ora como província, ora como estado, até se tornar reino em 1815 (mais: nomes do Brasil).
Os portugueses eram muito cuidadosos com o registro histórico de suas realizações. Infelizmente, o terremoto de 1755, em Lisboa, destruiu grande parte da cidade e dessa documentação, dos registros históricos de seus domínios em quatro continentes.
Cronologia
1548 - Após a primeira fase de colonização do Brasil, com as Capitanias Hereditárias, Dom João III adquiriu a Capitania da Bahia, que passou a ser um território Real, para fundar a primeira capital e estabelecer um governo centralizado. Nomeou Thomé de Sousa como o primeiro governador do Brasil e lhe entregou um Regimento, datado de 17 de dezembro de 1548, que pode ser considerado a primeira constituição do Brasil.
1549 - Thomé de Sousa chegou na Bahia em 29 de março e construiu a Cidade do Salvador, de forma planejada para ser a sede do Governo do Brasil. Os primeiros jesuítas desembarcaram com Thomé de Sousa.
1550 - Em 1º de outubro, índios brasileiros participaram de uma festa em Rouen, na França, em homenagem ao Rei Henrique II e à Rainha Catarina de Médici, que visitavam a Cidade. A Fête Brésilienne representou aldeias indígenas tupinambás e tabajaras, em guerra, com cerca de 300 pessoas, cerca de 50 eram verdadeiros índios brasileiros.
1551 - Fundou-se a primeira diocese do Brasil, a de São Salvador da Bahia. No ano seguinte, instalou-se a primeira catedral do Brasil.
1553 - Duarte da Costa, o segundo Governador do Brasil.
1554 - Em 25 de janeiro, o Padre Manoel da Nóbrega, junto com outros jesuítas subordinados, fundou mais um colégio para catequizar os índios, o qual se tornou as raízes históricas da Cidade de São Paulo. Entretanto, diferente da versão oficial, Nóbrega não fundou São Paulo. Nem foi seu povoador. Não se sabe que Nóbrega quisesse fundar qualquer povoado no local, além de mais um colégio para catequizar os índios, que já estavam lá. No Brasil, existiu a figura do povoador, que eram capitães com autorização real para tal. Os povoadores levavam missionários, colonos e militares e ficavam responsáveis pelo novo povoado. Nóbrega não foi um deles. Nos anos seguintes, vários colonos e explorados foram habitar junto ao Colégio. São Paulo tornou-se cidade no século 18.
1558 - Mem de Sá, terceiro Governador do Brasil, iniciou a expulsão dos franceses no Rio de Janeiro.
1565 - Fundação da Cidade de São Sebastião do Rio de Janeiro, em 1º de março, a segunda cidade fundada no Brasil depois de Salvador.
1572 - Ocorreu a primeira divisão administrativa da América Lusitana, em duas partes. O norte, com capital em Salvador, e o sul, com capital no Rio de Janeiro. Durou apenas seis anos.
1575 - Iniciou-se a colonização de Sergipe, com as missões coordenadas pelo jesuíta Gaspar Lourenço, partindo da Bahia. A caminho do Rio Real, o padre ouve de um cacique a versão mitológica do "dilúvio brasileiro". Em 1549, Manoel da Nóbrega já havia feito uma referência ao dilúvio tupinambá.
1578 - O Brasil foi novamente unificado, com capital em Salvador.
1580 - União Ibérica. A interrupção da dinastia de Ávis levou o Reino de Portugal a unir-se à Espanha. O rei espanhol Felipe II tornou-se também o rei Felipe I, de Portugal. O Brasil continuou nominalmente como um domínio português.
A União Ibérica foi selada sob a condição de que os próprios portugueses administrariam seus domínios ultramarinos, inclusive o Brasil. Portugal passou, então, a ser governado por um vice-rei português, nomeado pelo rei da Espanha.
O rei espanhol Felipe II respeitou o acordo que forjou a União Ibérica, mas seus sucessores, Felipe III e, principalmente, Felipe IV, o negligenciaram. A Holanda, antiga aliada dos portugueses, transformou-se em inimiga com a União Ibérica, atacando e ocupando grandes faixas do litoral brasileiro. Houve também um relaxamento do Tratado de Tordesilhas. O domínio espanhol sobre Portugal durou até 1640, quando ascendeu ao trono português a Casa de Bragança, num rompimento unilateral de Portugal.
1585 - O Padre Anchieta estimou que em torno da metade dos cerca de 25 mil brancos no Brasil, residiam na Bahia.
Fundou-se a terceira cidade do Brasil, na Paraíba, atual João Pessoa.
1590 - Fundou-se a quarta cidade brasileira: São Cristóvão, em Sergipe.
1599 - Fundou-se a quinta cidade brasileira: Natal, no Rio Grande do Norte, após a reconquista da Capitania dominada pelos franceses.
O século 16 termina com o Brasil sob domínio espanhol e com ingleses e holandeses tentando invadir a Cidade do Salvador, a capital.
